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O programa de Pós-graduação Stricto Sensu em Odontologia da UNITAU teve início em agosto de 1991 com três áreas de concentração: dentística, endodontia e periodontia.
Em 1998, passou por relevantes modificações obtendo recomendação da CAPES. Na avaliação CAPES 2004, o Programa recebeu nota quatro e, a partir de então, considerou a criação do Programa de Doutorado em Odontologia, já que muitos mestres formados pela UNITAU, por não terem disponível o nível Doutorado na Instituição, estavam cursando ou já haviam concluído seus Doutorados em outras Instituições (USP, UNESP, UNICAMP, UNIFESP, entre outras).
Em 2006, a CAPES autorizou o funcionamento do Doutorado em Odontologia, refletindo a maturidade científica alcançada pelo Programa. Desta forma, em 2007 teve início a primeira turma de doutorado. Também em 2007, após ter recebido autorização da CAPES, uma nova área de concentração foi incorporada ao programa, a área de Biologia Odontológica, ficando o Programa com cinco subáreas: Dentística, Endodontia, Periodontia, Prótese Dentária e Biologia Odontológica.
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 Formar e qualificar doutores na área da saúde com ênfase em Odontologia;
Formar e qualificar doutores capazes de exercer a docência, orientar, criar, participar e/ou solidificar linhas e grupos de pesquisa em instituição de Ensino Superior;
Formar doutores éticos, com senso de responsabilidade social, capazes de fortalecer o sistema universidade-comunidade;
Formar doutores capazes de captar recursos humanos e financeiros para desenvolvimento do ensino e da pesquisa;
Formar doutores capazes de estimular o estabelecimento de intercâmbio com instituições e grupos de pesquisa nacionais e internacionais;
Formar doutores capazes de gerar novos conhecimentos cientificos e tecnológicos.
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Avaliação das propriedades e desempenho dos materiais odontológicos;
Epidemiologia e diagnóstico das doenças periodontais e perimplantares;
Fatores de risco e terapia das doenças periodontais;
Fundamentos biológicos, fisicos e quimicos em odontologia;
Tecnologia e análise dos aspectos biológicos em endodontia.
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